Stanisław Pajka urodził się w Dylewie, gmina Kadzidło. Uczęszczał do Szkoły Podstawowej najpierw w Dylewie, potem w Kadzidle, którą ukończył w 1949 r. W latach 1949-1953 uczył się w Państwowym Liceum Pedagogicznym w Ostrołęce, a potem w latach 1953-1958 studiował na Wydziale Pedagogiki i Psychologii Uniwersytetu Warszawskiego, uzyskując stopień magistra pedagogiki, zaś w 1975 r. doktora nauk humanistycznych.

Pracę zawodową rozpoczął jako nauczyciel w Sępopolu, potem pracował w Zarządzie Wojewódzkim Związku Młodzieży Wiejskiej w Olsztynie jako sekretarz Komisji Szkolno-Studenckiej. Ponownie jako nauczyciel pracował w Zasadniczej Szkole Zawodowej w Lidzbarku Warmińskim (1960-1961) i Technikum Przemysłowo – Pedagogicznym w Łomży (1961-1962). Od 1962 r. w Ostrołęce w Zarządzie Powiatowym Związku Nauczycielstwa Polskiego (1962-1971, kierownik Wydziału Pedagogicznego i wiceprezes urzędujący), nauczyciel w Zespole Szkół Zawodowych Nr 1 (1971-1974), w Liceum Ogólnokształcącym (1974-1975, pedagog szkolny), w Instytucie Kształcenia Nauczycieli i Badań Oświatowych w Rembertowie koło Warszawy (1975¬1977, adiunkt), w Wojewódzkiej Poradni Wychowawczo-Zawodowej w Ostrołęce (1977-1979, pedagog ds. orientacji zawodowej), Stacji Naukowej Mazowieckiego Ośrodka Badań Naukowych im. prof. Stanisława Herbsta w Ostrołęce (1979-1986, kierownik), w Szkole Podstawowej w Kadzidle (1989-1990, pedagog szkolny).

Członek Związku Młodzieży Polskiej i Związku Młodzieży Wiejskiej, Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej, Związku Nauczycielstwa Polskiego, Towarzystwa Wiedzy Powszechnej, Towarzystwa Przyjaciół Ostrołęki. Szczególne zasługi miał w tworzeniu Ostrołęckiego Towarzystwa Naukowego im. Adama Chętnika (członek zarządu i prezydium) oraz Związku Kurpiów (przewodniczący Komitetu Założycielskiego, członek Zarządu Głównego i przez dwie kadencje wiceprezes). Do jego znajomych i przyjaciół należało wielu wybitnych uczonych, takich jak Henryk Samsonowicz, Tadeusz Lewowicki, Adam Dobroński, Aleksander Łuczak, Kazimierz Sopuch, Henryk Syska, wielu pisarzy, księży, nauczycieli, polityków, dziennikarzy, działaczy społecznych, regionalnych, czy też samorządowych.

Autor kilkunastu publikacji książkowych, w tym m. in.: „Słownika biograficznego Kurpiowszczyzny XX wieku” oraz Słownika biograficznego Kurpiowszczyzny XX-XX1 wieku, (część druga), „Z dziejów Liceum Pedagogicznego w Ostrołęce”, „Nauczyciele województwa ostrołęckiego w latach wojny i okupacji 1939-1945″„Wpisani w Kurpiowszczyznę i w życie moje” oraz „Dylewo dawniej i dziś”. Opublikował ponad 400 artykułów, rozpraw i szkiców o tematyce pedagogicznej, socjologicznej i historycznej dotyczących przede wszystkim Kurpiowszczyzny w czasopismach ogólnopolskich („Głos Nauczycielski”, Tygodnik Kulturalny”, Kultura i Społeczeństwo’) oraz regionalnych („Zeszyty Naukowe” OTN, „Tygodnik Ostrołęcki”).

W ciągu ponad 60. lat aktywnej działalności zapracował na wiele odznaczeń, nagród i wyróżnień. Otrzymał Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski, Medal Komisji Edukacji Narodowej, dyplom i nagrodę Marszałka Województwa Mazowieckiego, medal „Za zasługi dla Ostrołęki”, Odznakę Związku Nauczycielstwa Polskiego, medal Związku Kurpiów, dwukrotną nagrodę Prezesa Związku Kurpiów „Kurpik”, Nagrodę i Medal im. Zygmunta Glogera, Brązowy medal „Zasłużony Kulturze Gloria Artis”, Ogólnopolską Nagrodę I stopnia im. Aleksandra Patkowskiego, Nagrodę im. Aleksandra Gieysztora „Za najlepsze Masoviana”. Był honorowym członkiem Ostrołęckiego Towarzystwa Naukowego im. Adama Chętnika i honorowym obywatelem gminy Kadzidło. W 2018 r. Ostrołęckie Towarzystwo Naukowe im. Adama Chętnika wydało książkę pt. „Wpisani w życie Twoje Stanisławie. Wspomnienia o Stanisławie Pajce”, zaś dwa lata później Związek Kurpiów ogłosił i przeprowadził konkurs im. Stanisława Pajki na najlepszą publikację i artykuł o Kurpiowszczyźnie.